В связи с ликвидацией профсоюзных школ, 1 июня 2004 было создано областное государственное образовательное учреждение дополнительного образования детей «Детско-юношеская спортивная школа №2». В школе культивировалось 5 видов спорта: плавание, водное поло, академическая гребля, гребля на байдарках и каноэ, танцы. С 2005 по 2009 год – реализация учебных программ по видам спорта: гребля на байдарках и каноэ, академическая гребля, плавание, водное поло, легкая атлетика. В июле 2009 года в связи с реорганизацией отделения академической гребли и гребли на байдарках и каноэ переданы в СДЮСШОР № 6. С 1 сентября 2009 года реализация учебных программ по видам спорта – плавание, водное поло, самбо, а в 2012 г. шахматы, шашки.

В конце 2012 г. отделения самбо, шахматы, шашки переданы в ОДЮСШ.

В 2013 г школа получила новое название: Государственное бюджетное учреждение дополнительного образования детей Астраханской области «Детско-юношеская спортивная школа водных видов спорта им. Б.Н. Скокова».

С апреля месяца 2014 года отделение водного поло было передано в Ватерпольный клуб "Динамо".

На сегодняшний день в школе культивируются три вида спорта: плавание, прыжки в воду, синхронное плавание.